Doğuştan gelen bazı genital organ bozuklukları da plastik cerrahi ile düzeltilebilmektedir. Özellikle halk arasındaki tabiri ile "peygamber sünneti" olarak bilinen, erkek bebeklerde idrar deliğinin penis ucundan değil de geri alanlarda bulunması şeklinde tanımlanan "hipospadias" sıkça görülen bir durumdur. Kız bebeklerde ise farklı nedenlerden dolayı vajina oluşmayabilir. Bu tür ve benzeri durumlarda plastik cerrahi en uygun tedavi yöntemini önermektedir.